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要注册公司并办理医疗机构许可证，需要按照以下步骤进行。
1、了解相关法规和规定：首先需要了解相关的卫生法规、医疗管理政策和规定，以确保符合相关标准和要求。
2、准备相关资料：准备医疗机构许可证申请所需的资料，包括公司注册证明、法定代表人身份证明、医疗机构建筑平面图、医疗机构设施设备情况、医务人员资质证明等。
3、提交申请：将准备好的申请材料提交给当地卫生行政部门或卫生监督机构，进行初步审核。
4、现场审核：卫生行政部门或卫生监督机构会对医疗机构进行现场审核，包括医疗设施、医疗设备、医疗环境等方面的检查，审核通过后，会给予受理通知书。
5、公示和征求意见：部分地区会进行公示和征求意见环节，需要按照要求进行操作。
6、审批和发证：经过审核、公示等程序后，如果符合相关规定和标准，卫生行政部门或卫生监督机构会颁发医疗机构许可证。
需要注意的是，不同地区对医疗机构许可证的申请流程和材料要求可能有所不同，具体流程和材料要求需以当地卫生行政部门或卫生监督机构的要求为准，在申请过程中还需遵守相关法律法规，确保医疗质量和安全，建议在申请前咨询当地卫生行政部门或相关机构，获取更详细的指导和帮助。