在重庆注册公司的员工社保缴纳可以按照以下步骤进行。
1、开通社保账户：需要携带公司的营业执照、法定代表人身份证等证件，前往重庆当地的社保经办机构进行办理，并开通社保账户。
2、增减员操作：公司需要确定员工的社保缴纳人数，并进行增减员操作，这部分操作可以在社保局的官方网站上进行，也可以前往社保局柜台进行办理，新公司注册后需要在网上进行社保账户的首次登录，并下载相关表格以添加员工信息，每月的特定时间内，需要将本月的新增参保人员名单提交给社保局进行审批。
3、社保缴费：完成增减员操作后，公司需要按月缴纳社保费用，这部分费用可以前往社保局现场缴纳，也可以在网上转账支付，具体的支付方式可能会因系统升级或其他原因而发生变化，建议根据最新的官方信息进行支付。
是大致流程，具体的规定可能会根据重庆的社保政策和规定有所不同，建议在操作前详细咨询重庆当地的社保经办机构或相关政府部门，以确保流程正确并遵守相关规定。
