如果公司所有注册文件丢失，这确实是一个严重的问题，但可以采取以下步骤来解决问题。
1、冷静评估：需要冷静地评估丢失的文件种类及其重要性，这包括但不限于公司营业执照、税务登记证、合同、发票等。
2、报告上级与相关部门：尽快将此情况报告给公司管理层及相关的行业监管部门，如工商局、税务局等。
3、寻求法律建议：可以咨询律师或法律顾问，了解在这种情况下应该如何操作以及可能的法律后果。
4、补办文件：根据文件的种类和重要性，可能需要重新办理或补办一些文件，如果丢失了营业执照，就需要去工商局重新办理，这个过程可能需要一些时间，所以尽早开始。
5、加强文件管理：为了防止此类事件再次发生，需要加强对公司文件的管理，可以考虑使用电子档案管理系统，定期备份重要文件，并确保员工都知道如何正确处理文件。
6、备份与存档：对于现有的文件，应立即进行备份，确保电子和纸质版本都妥善保存，对于未来的文件，需要建立严格的存档和管理制度。
7、考虑保险：考虑购买文件保险，以应对未来可能发生的类似情况。
8、合作与沟通：与相关部门保持良好沟通，确保他们了解您正在采取的措施，并寻求他们的帮助和指导。
具体的步骤可能会因地区和公司的具体情况而异，建议咨询专业人士以获取更详细的建议，不过无论如何，及时采取行动并加强后续的文件管理都是关键。
