自己房屋被别人注册公司，去法院起诉是否能胜诉取决于具体情况。
需要查看房屋所有权证明，确认房屋是否属于个人所有，如果房屋确实属于个人所有，那么可以向法院提起诉讼，要求对方停止在房屋上注册公司并赔偿损失，在这个过程中，需要收集相关证据，如房产证、身份证等证明房屋所有权和身份信息的证据，以及证明对方在房屋上注册公司的相关证据。
法院会根据相关法律规定和证据来判断案件，如果对方的注册公司行为属于非法占用或者侵犯个人财产权益的行为，那么法院一般会支持个人的诉讼请求，判决对方停止侵权行为并赔偿损失，但是如果存在其他复杂因素，如合同、协议等，法院会根据具体情况进行裁决。
如果自己有充分的证据证明房屋被别人注册公司属于侵权行为，并且能够提供相关证据，那么去法院起诉是有可能胜诉的，但是每个案件都有其独特性，结果也会因具体情况而异，建议寻求专业律师的帮助，以获得更准确的法律建议。
