自建房注册公司存在一定的风险，这些风险主要涉及到以下几个方面。
1、产权问题：自建房的产权归属需要清晰明了，如果产权不明确或者存在纠纷，会对公司的注册产生影响，在注册公司之前，需要确保自建房的产权问题得到解决。
2、土地使用性质：自建房的土地使用性质应该是符合公司注册要求的，例如商业用地或者工业用地等，如果土地使用性质不符合要求，可能会导致公司无法注册或者面临相关风险。
3、法规政策：不同地区的法规政策可能存在差异，注册公司时需要遵守当地的法律法规和政策要求，如果不了解相关法规政策或者存在误解，可能会导致公司注册失败或者面临法律风险。
4、房屋用途问题：如果自建房存在房屋用途的问题，例如被用作住宅而非商业用途，可能会违反相关规定，给公司带来风险，在注册公司之前，需要确保房屋用途符合规定。
为了减少风险，建议在注册公司之前充分了解当地的法规政策，了解自建房的产权和土地使用性质情况，并确保房屋用途符合规定，可以咨询专业的律师或相关机构，以获得更加详细和准确的建议，这样可以确保公司在注册过程中避免风险，顺利运营。
