代账公司注册公司收费是否合法，取决于该公司是否具备合法资质、是否按照规定的标准收费以及是否遵循法定的服务流程。
代账公司必须拥有合法资质，包括工商营业执照、代理记账许可证等，如果公司没有这些资质而开展业务并收取费用，则属于非法经营，是不合法的。
代账公司提供的服务应该符合合同约定的内容，并按照规定的标准收费，如果代账公司提供的服务超出了合同约定的范围或者服务质量不达标，可能会对客户造成损失，这种情况下收取的费用也可能存在争议，代账公司应该明确告知客户收费标准和服务内容，确保客户充分了解并同意后签订合同。
代账公司在开展业务时必须遵循法定的服务流程，包括会计核算、纳税申报等，如果代账公司在服务过程中存在违规行为，比如虚构账目、偷税漏税等，也是不合法的行为。
如果代账公司拥有合法资质、按照规定标准收费并遵循法定服务流程，那么其注册公司收费是合法的，如果存在任何违法行为或者服务质量问题，都是不合法的，在选择代账公司时，客户应该谨慎选择、了解其资质和服务质量等方面的情况。
