注册公司开票和不开票的区别主要体现在以下几个方面。
1、税务处理：公司注册后，需要向税务部门申报纳税，如果公司提供的商品或服务需要开具发票，那么就需要进行开票操作，并按照规定缴纳相应的税款，不开票的交易则不需要缴纳相应的税款，但这并不意味着不开票就不纳税，不开票的收入也需要正常记账报税，否则，不开票部分一旦被查账发现，会被视为偷税漏税，公司需要根据实际情况选择是否开票，不开票的金额会被视为不开票收入，属于公司的收入，需要计入公司账户中，如果不开票收入被查到，会被要求补税并缴纳滞纳金，不开票也需要遵守税务规定。
2、收入确认：开票和不开票的收入都需要确认收入，但开票收入更为透明和合法化，如果不开票收入没有确认收入，则可能导致公司财务混乱和税务问题，公司需要根据实际情况确认开票和不开票的收入，不开票收入也需要开具收据作为凭证，如果客户需要发票报销或其他合法用途，公司必须开具发票并缴纳相应的税款，公司在选择是否开票时需要考虑客户的实际需求。
开票和不开票在税务处理、收入确认等方面存在差异，公司需要根据实际情况选择是否开票，并遵守税务规定和财务规定，公司也需要了解客户的需求并提供相应的服务，无论是否开票，公司的收入和支出都需要合法合规地进行处理并遵守相关法律法规的规定。
