在深圳注册公司和在东莞注册公司各有其优势和特点，具体选择取决于您的需求和长期规划。
深圳作为中国的经济特区，拥有完善的工业基础和商业环境，同时也是科技创新的中心之一，在深圳注册公司可以享受其良好的商业氛围和丰富的资源，特别是在科技、金融、物流等领域有较多机会，深圳毗邻香港，具有得天独厚的地理优势，对于外贸业务来说十分便利。
东莞则是一个制造业重镇，拥有发达的制造业和供应链体系，在东莞注册公司可以更好地融入制造业产业链，对于从事生产制造、供应链管理等相关业务的企业来说可能更有优势。
您需要根据公司的业务类型、市场需求、成本考虑、人才招聘等因素来综合考虑选择在深圳还是东莞注册公司，如果您需要更具体的建议，可以咨询专业的商业顾问或律师。
