小规模纳税人和一般纳税人在注册公司时存在明显的区别，主要体现在以下几个方面。
1、税率不同：小规模纳税人需要按照3%的税率来计算增值税，而一般纳税人根据业务的不同，税率会有所变化，通常在6%、9%、13%之间，所得税税率也有所不同，一般纳税人公司的经营所得税税率为利润总额的百分之二十五至百分之二十五之间，而小规模纳税人可以享受小微企业的税收优惠政策。
2、计税方式有所不同：一般纳税人公司需要按照进销核算增值税并进行抵扣，即根据销项税减去进项税的余额来计税，而小规模纳税人通常采用简易计税的方式，即销售额直接乘以税率得出应交增值税额，这意味着小规模纳税人的税务计算相对简单。
3、发票使用不同：小规模纳税人销售时只能使用普通发票，而一般纳税人公司可以购买增值税专用发票并进行抵扣，一般纳税人公司在客户需要开具发票时更具优势，一般纳税人公司还可以购买增值税专用发票并开具给下游客户，为其带来抵扣的机会。
4、收付款条件有所不同：由于小规模纳税人的税务计算相对简单，一些客户可能会选择向一般纳税人公司支付款项，因为这样可以为其带来抵扣的机会和更稳定的合作体验，一般纳税人公司在与客户合作时可能会获得更多的信任和支持。
小规模纳税人和一般纳税人在税务计算、发票使用以及收付款条件等方面都存在明显的差异，在选择注册公司类型时，需要根据自身业务需求和长远规划来做出决策，如有疑问或需要更详细的解释，建议咨询相关专业人士或机构。
