公司车辆注册顺风车是否违法，以及如何处理，这个问题需要结合具体所在地的法律法规来判断。
在一些地区，公司车辆注册顺风车并进行运营是合法的，但需要确保符合一定的条件，如拥有相应的驾驶证、车辆证件等，还需要确保公司的顺风车服务符合相关的安全标准和规定，如驾驶员的背景审查、车辆的安全检查等。
在其他地区或特定情况下，公司车辆注册顺风车可能会被视为非法运营或违反相关法规，这种情况下，如果收到相关的违法通知或面临处罚，应该立即停止相关服务并寻求法律咨询，具体的处理方式可能包括缴纳罚款、接受调查等，这取决于当地的法规和具体情况。
为了确保公司车辆注册顺风车的合法性，建议首先了解所在地相关的法律法规和政策，确保符合所有条件后再进行注册和运营，如果遇到问题或不确定如何处理，建议咨询专业的法律人士或当地交通管理部门。
仅供参考，如有任何疑问，建议咨询法律相关的专业人士或机构。
