农村自建房子注册公司赔偿的问题，需要根据具体情况进行分析。一般来说，赔偿涉及的因素包括房屋的价值、用途、所在地区等。
如果自建房是合法建筑，且相关手续齐全，那么可以根据房屋的实际价值和用途来获得相应的赔偿，如果房屋是用于注册公司的经营场所，还需要考虑停产停业损失等补偿，这些补偿通常包括房屋本身的补偿、搬迁费用、设备设施损失等。
具体的赔偿标准可能因地区而异，不同地区可能会有不同的政策和规定，因此需要根据当地的政策和规定来确定具体的赔偿标准。
如果房屋因为某些原因被认为是违法建筑或者未经批准擅自搭建的建筑，那么可能无法获得相应的赔偿，在自建房屋之前，需要确保获得相关的批准和许可，以避免未来可能出现的纠纷和争议。
农村自建房子注册公司赔偿的问题需要根据具体情况进行评估和确定，如果您面临此类问题，建议咨询当地的相关部门或律师，以获得更具体的指导和建议。
