如果一个老板注册了多个公司并涉及到劳动争议或其他纠纷需要申请仲裁时，具体的申请流程可能会因地区和具体情况而有所不同。但一般来说，可以按照以下步骤进行。
1、收集证据：收集与争议相关的所有证据，包括合同、工资单、工作评价、通讯记录等，如果涉及到多个公司，需要针对每个公司的具体情况收集证据。
2、明确仲裁请求：明确你要申请仲裁的具体请求，比如欠薪、解雇纠纷等，针对每个公司，可能需要提出不同的请求。
3、选择合适的仲裁机构：根据争议的性质和公司的注册地点，选择相应的仲裁机构，可以选择中国劳动争议调解仲裁网或者当地的劳动仲裁委员会。
4、提交仲裁申请：按照选定仲裁机构的要求，提交仲裁申请，一般需要填写申请表格，并提交相关证据，如果涉及到多个公司，需要为每个公司分别提交申请。
5、等待受理：提交申请后，仲裁机构会审查你的申请并决定是否受理，如果受理，会通知你下一步的操作。
6、参加仲裁听证会：如果仲裁机构安排听证会，你需要参加，在听证会上，你需要陈述你的观点并提供证据支持。
7、等待仲裁结果：仲裁机构会在一定时间内做出仲裁结果，如果仲裁结果不满意，你可以根据法律程序进行上诉。
需要注意的是，每个地区的具体规定可能会有所不同，建议在进行仲裁申请前，先咨询当地的劳动仲裁委员会或律师，了解具体的流程和要求，由于涉及到多个公司，需要针对每个公司的情况分别进行申请和处理。
