网上注册公司网站使用的软件工具因地区和行业而异，以下是一些常见的软件和工具。
1、工商注册软件：如工商注册宝、企策通等，这些软件提供了企业工商注册、变更、注销等方面的服务，可以方便地在线提交材料、查询进度等。
2、财税软件：如畅捷通易代账、友数软件等，主要用于财务管理和税务申报等方面，帮助企业进行财务管理和税务筹划。
3、企业管理软件：如钉钉、用友等，这些软件提供了企业管理的一些基本功能，如任务分配、日程管理、客户管理等。
4、在线办公套件：如阿里云办公套件等，包括在线文档编辑、在线会议等功能，有助于团队协作和在线办公。
还有一些专业的企业注册服务平台，如支付宝、微信等平台的商家注册服务，以及各大城市政府官网提供的在线注册服务系统等，这些平台和系统都提供了方便快捷的在线注册服务，具体使用哪个软件取决于所在地区、行业和具体需求，建议根据所在地区的实际情况选择合适的软件和工具进行使用。
