注册公司时，小规模纳税人和一般纳税人在多方面存在明显的区别，以下为您列举主要的差异。
1、税率：小规模纳税人增值税税率通常为3%，一般纳税人则根据业务的不同而有不同的税率，如13%、9%、6%和零税率等，从税率角度看，一般纳税人可能会高于小规模纳税人，但在某些特定情况下，一般纳税人可以通过抵扣来降低实际税负。
2、计税方式：小规模纳税人通常采取简易计税的方式，而一般纳税人则采用抵扣计税方式，小规模纳税人不能享受进项税额抵扣的权利，而一般纳税人可以抵扣部分进项税额，这有助于减少应纳税额。
3、销售额限制：小规模连续不超过三年的年度销售额不得超过认定标准（通常为几百万），超过后需认定为一般纳税人，而对于一般纳税人来说，没有销售额的限制，对于初创企业来说，如果预计销售额会迅速增长，选择小规模纳税人可能只是一个过渡阶段。
4、发票使用和管理要求：小规模纳税人通常使用普通发票，而一般纳税人则需要使用增值税专用发票，对于发票的使用和管理，税务机关对一般纳税人有着更为严格的要求，一般纳税人还需要设立专门的会计人员来处理账务和纳税申报等事务。
5、申报频率：小规模纳税人通常可以选择按季度申报纳税，而一般纳税人则需要每月进行申报，这使得小规模纳税人在某些程度上减轻了申报的工作量。
6、业务扩展和竞争力考量：在某些情况下，成为一般纳税人可能有助于企业拓展业务或提高竞争力，一些大型企业和政府采购项目可能要求合作方为一般纳税人，一般纳税人身份可能有助于提升企业的信誉和形象。
注册公司选择小规模纳税人还是一般纳税人需要根据企业的具体情况和需求来决定，企业在注册前应进行充分的规划和考虑，以选择最适合自己的纳税方式，如有疑问或需要更详细的指导，建议咨询专业的税务顾问或律师。
