在上海注册公司但在外地经营，办理居住证的具体流程可以参考如下步骤。
1、准备相关材料，包括有效的身份证件、公司注册证明、营业执照、税务登记证等。
2、根据外地人所在地的要求，前往当地的居住证办理机构或派出所，进行居住证的申请。
3、填写居住证申请表，并提交相关材料。
4、提交材料后，等待审核，审核通过后，会收到居住证办理成功的通知。
需要注意的是，由于居住证办理的具体规定可能因地区而异，建议咨询当地派出所或相关部门了解具体的办理流程和规定，虽然公司在上海注册，但因为经营在外地，可能涉及到跨地区经营的问题，需要遵守所在地的法律法规和规定，在办理居住证的同时，也需要了解并遵守所在地的相关法规。
仅供参考，建议咨询专业律师，获取更加准确和全面的信息。
