如果公司的注册资金没有实缴完，但在经营过程中遇到不善的情况，是可以申请注销的。注销公司的主要目的是解除公司的法律实体地位，终止公司的经营活动，与公司是否完成注册资金的实缴并没有直接关系。
需要注意的是，在注销过程中，未实缴的注册资金可能需要处理，具体而言，公司需要在清算过程中处理所有的债务和负债，包括未实缴的注册资金，如果公司资产无法完全覆盖其债务，股东可能需要承担相应责任，包括使用个人财产来承担公司债务。
在决定注销公司之前，建议咨询专业的律师或会计师，了解具体的法律和商业规定，以确保公司的注销过程能够顺利进行，并妥善处理所有相关事宜。
