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如果在尝试使用12306网站注册时，系统提示身份证已注册过，可能有以下几种原因。
1、可能是您的身份证之前已经被别人注册过了，这可能是由于他人误填错了自己的身份证号码，或者是使用了您的身份证信息进行注册。
2、也可能是系统出现了错误或故障，导致您的身份信息被误判为已注册状态，这种情况可能是由于系统维护不当或系统升级等原因导致的。
针对这种情况，您可以尝试以下几种解决方法：
1、确认您的身份证是否被别人注册过，您可以尝试联系铁路客服或通过其他途径查询您的身份信息是否已经被注册过，如果确实存在他人冒用您身份证的情况，您可以向铁路客服申请找回账号或进行申诉处理。
2、如果确认您的身份证之前并未被别人注册过，那么您可以尝试重新注册，在注册时，确保填写正确的身份信息，并仔细核对相关信息是否正确，如果仍然无法注册，您可以联系铁路客服寻求帮助。
当遇到身份证被别人注册或系统误判的情况时，最重要的是保持冷静并及时联系相关部门或机构寻求帮助解决问题。