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个人注册公司并开发票，如果操作合法、合规，那么通常不会有什么不良后果。然而，如果存在不合规的行为，可能会面临一些风险和问题，主要包括以下几点。
1、税务问题：如果开票内容与实际业务不符，或者存在虚开发票等情况，可能会违反税务法规，导致税务部门对公司进行处罚，甚至可能涉及刑事责任。
2、公司声誉受损：不合规行为一旦被曝光，会对公司声誉造成严重影响，可能导致合作伙伴解除合作关系，甚至面临法律纠纷。
3、法律责任：如果以公司名义签署合同或进行其他法律行为，需要确保所有行为都在法律允许的范围内，如果违法行为导致公司陷入法律纠纷，相关责任人可能需要承担个人法律责任。
4、财务管理难度增加：如果个人注册公司后需要处理公司的财务、税务等问题，可能会增加个人的管理难度和成本。
为了确保合规性，个人注册公司并开发票时，需要确保所有业务都是合法的，并且妥善管理公司的财务和税务事务，如果有任何疑问或不确定的地方，建议咨询专业的法律或财务顾问。