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深圳和广州都是中国的发达城市，具有不同的优势和特点，因此选择在哪个城市注册公司取决于您的具体需求和业务情况。
深圳是一个创新和高科技产业发达的城市，拥有完善的创新生态系统和良好的创业环境，深圳还拥有完善的法律法规和透明的行政程序，为企业的注册和发展提供了良好的法律保障，深圳毗邻香港，具有得天独厚的地理优势，有利于拓展海外市场，如果您打算从事高科技、互联网、电子商务等行业，深圳可能是更好的选择。
广州是中国南方的经济中心之一，拥有完善的交通网络和物流体系，是中国重要的进出口门户之一，广州还拥有丰富的资源和人才储备，有利于发展制造业、贸易、物流等领域，广州的政府也为企业提供了一系列的优惠政策和支持措施，如果您的业务涉及这些领域，广州可能是更好的选择。
深圳和广州都是具有发展潜力的城市，选择哪个城市注册公司取决于您的业务类型、个人需求以及对当地市场环境的了解，建议您在决定前进行充分的市场调研和商业计划制定，以做出明智的决策。