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公司注册资金为一百万时，实际缴纳的税款取决于公司的业务类型、盈利情况、所在地区以及具体的税收政策等多种因素。
1、企业所得税：公司盈利后需要缴纳企业所得税，税款数额取决于公司的年度应纳税所得额，新成立的公司若在注册时享受到了税收优惠，如税收减免等政策，那么实际缴纳的税款可能会更少，企业所得税的税率为25%，但对于小型微利企业，年应纳税所得额不超过一百万的部分，实际税率可能只有5%，如果公司盈利一百万，那么需要缴纳的企业所得税可能是二十五万或更少。
2、其他税种：除了企业所得税之外，公司还需要根据具体情况缴纳增值税、消费税、印花税等，公司在销售商品或提供服务时需要缴纳增值税；在签订合同时需要缴纳印花税等，这些税种的税率和计算方式各不相同，具体需要缴纳的税款数额需要根据公司的实际情况来确定。
公司注册资金为一百万时实际缴纳的税款并不是固定的，需要根据公司的具体情况和税收政策来确定，建议在注册公司前咨询专业的税务顾问或会计师以获取准确的税务建议。