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注册公司选择一般纳税人还是小规模纳税人，主要取决于公司的具体情况和未来发展规划。
一般纳税人公司和小规模纳税人的主要区别在于税率、发票使用以及可抵扣的税额等方面，一般纳税人公司税率较高，但可以进行进项税额抵扣，同时开具的发票也是增值税专用发票，可以更加规范公司的财务管理，一般纳税人公司还可以享受一些税收优惠政策，小规模纳税人公司的税率相对较低，但无法享受进项税额抵扣，且开票种类有限制，小规模纳税人在初期经营成本上可能会有一定的优势。
对于初创企业来说，如果预计销售额较小，或者供应商无法开具增值税专用发票进行抵扣，小规模纳税人可能更适合，因为小规模纳税人的税率相对较低，可以减轻企业的税收负担，如果公司预计销售额较大，或者需要与一般纳税人企业合作并接受增值税专用发票进行抵扣，那么选择一般纳税人可能更有优势，如果公司未来有扩大规模、拓展业务等计划，一般纳税人身份也更容易得到合作伙伴和客户的认可。
选择一般纳税人还是小规模纳税人需要根据公司的具体情况和未来发展规划进行综合考虑，建议在决定之前咨询专业的税务顾问或会计师的建议。