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公司注册微信小程序不能使用个人收款码进行收款。公司注册微信小程序后，需要在小程序后台配置合法的支付方式，包括微信支付和商业支付等，以便用户可以通过这些支付方式向商家支付费用。微信支付和商业支付都需要商家提供相应的资质证明和开通相应的支付账户，而不能使用个人收款码代替。如果公司使用个人收款码进行收款，可能会违反相关法规，并面临一定的风险。因此，公司应该遵守相关规定，确保在小程序中的收款行为合法合规。

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