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如果在尝试注册12306账号时，系统显示手机号已被注册，可能会产生以下后果。
1、无法使用该手机号进行注册：如果您的手机号已经被注册，系统将不允许您再次使用该手机号进行注册。
2、账号安全受影响：如果该手机号被他人注册并使用，可能存在账号安全问题，他人可能会通过该手机号进行不正当操作，例如修改密码、绑定其他服务等，这将对您的账号安全构成威胁。
3、个人信息泄露风险：如果该手机号之前被他人使用并注册时提供了其他个人信息（如姓名、地址等），这些信息可能会与您的个人信息关联，从而存在泄露的风险。
如果手机号被注册，建议您尽快联系相关客服或相关部门，以确认和处理该情况，为了保障账号安全，建议定期更新密码、绑定手机等安全措施，避免账号被他人盗用。