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上海自贸区注册的公司并不直接被视为境外公司。

中国（上海）自由贸易试验区是在上海市的特定区域内设立的，具有独立的法律地位和行政管理权限，在自贸区内注册的公司仍然是按照中国法律和公司注册规定设立的国内公司，这些公司在国内经营业务，并受到中国相关法规的监管，虽然自贸区内的企业在某些方面可以享受类似于境外企业的待遇，例如更自由的贸易、更便利的跨境资金流动等，但它们仍然是国内的法人实体，需要遵守中国的法律法规。

上海自贸区注册的公司仍然是境内公司，而不是境外公司。