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大陆人在台湾注册公司能否获得护照要视具体情况而定。
台湾并不是一个国家，而是中国的一个省级行政区，大陆人在台湾注册公司并不涉及护照问题，因为护照是公民在国外的旅行证件，而不是在公司注册过程中需要获得的证件，对于大陆人来说，在台湾注册公司需要满足一定的条件和提交相应的材料，但这与护照的获取无关。
关于能否获得护照的问题，这取决于申请人的个人情况，只要符合护照申请的相关条件，如拥有中国国籍、拥有身份证明等，就可以申请护照，即使你在台湾注册了公司，只要满足条件，仍然可以申请护照。
具体情况可能因个人情况和相关政策而有所不同，建议咨询相关部门或专业人士以获取准确的信息和建议。