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苹果应用商店购买软件会直接从绑定的支付账户中扣款，如微信、银行卡等支付账户。具体的扣款方式取决于用户在苹果应用商店中设置的支付方式。如果用户使用的是支付宝余额付款，则会直接从支付宝余额中扣款。因此，苹果应用商店购买软件会从绑定的支付账户中扣款，具体支付方式取决于用户的设置。

在支付过程中，确保网络环境良好，避免由于网络延迟导致支付失败或重复扣款等问题，如果遇到相关问题，可以联系苹果客服寻求帮助，为了保护账户安全，建议定期检查支付账户的安全设置，确保账户安全，建议在购买软件时选择正规渠道，避免遇到欺诈等问题，苹果应用商店购买软件会从用户的支付账户中扣款，具体支付方式取决于用户的设置和选择。