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如果您在注册公司时发现身份证已经被注册，可能有以下几种情况。
1、身份证可能已经被别人盗用注册了公司，这种情况下，您需要尽快联系相关机构，如工商局或公安机关，确认情况并采取措施。
2、您可能之前已经注册过公司或者在其他公司担任法定代表人或股东，但是忘记了，您可以联系当地工商局查询自己是否已经注册过公司或者在其他公司的相关记录。
如果您确认自己的身份证被盗用或者出现了其他异常情况，建议您采取以下措施：
1、及时联系相关机构，如工商局、公安机关等，了解具体情况并采取措施。
2、尽快办理身份证挂失和补办手续，防止进一步损失。
3、如果确认自己不是该公司的法定代表人或股东，可以向相关机构申请撤销或变更相关登记信息。
如果您的身份证已经被注册，需要及时采取措施，保护自己的合法权益，如果您不确定如何处理这种情况，可以咨询专业的律师或相关机构的意见。