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公司注册地不在本地，员工的社保问题可能会因地区和具体情况而有所不同。一般来说，公司是有责任为员工缴纳社保的。以下是一些可能的处理方式。
1、异地社保缴纳：公司可以在公司注册地为员工缴纳社保，员工可以选择在本地或异地缴纳，这种情况下，员工可能需要提供一些额外的文件和信息，如异地社保缴纳申请表等，员工在异地缴纳时可能需要自行缴纳部分费用，公司也会支付相应的社保费用到员工的个人账户。
2、在工作地缴纳社保：如果员工在工作地（即非公司注册地）工作并缴纳社保，公司可能需要与当地社保机构进行合作或备案，以确保员工的社保权益得到保障，这种情况下，员工社保的缴纳和管理与当地员工相同。
无论哪种方式，公司都应该遵守当地的劳动法和社保规定，确保员工的社保权益得到保障，建议公司在招聘员工时明确告知员工社保的缴纳方式和相关事项，并在合同中明确相关条款，如果公司有具体的疑虑或问题，建议咨询当地的劳动法律专业人士或社保机构以获取更详细的指导和建议，具体的规定可能因地区而异，因此请以当地的具体规定为准。