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注册公司选择小规模纳税人还是一般纳税人，主要取决于公司的具体情况和未来的业务发展方向。
小规模纳税人是指年应税销售额在规定标准以下（通常为500万元以内），并且会计核算不健全，不能按规定报送有关税务资料的增值税纳税人，小规模纳税人的税率相对较低，并且在达到一定条件后可以选择享受免征增值税的优惠政策，如果公司的业务规模较小，或者属于新成立的公司，建议选择小规模纳税人，这样可以减轻税务压力。
一般纳税人是指年应税销售额超过财政部规定的小规模纳税人标准的企业或单位，一般纳税人的税收管理相对复杂，需要遵守更多的税收法规和政策，但可以开具增值税专用发票，享受抵扣进项税额的优惠，如果公司的业务规模较大，或者涉及到需要开具增值税专用发票的业务，建议选择一般纳税人，这样可以更好地管理税务并享受相应的优惠政策。
选择小规模纳税人还是一般纳税人需要根据公司的实际情况和未来发展方向进行综合考虑，建议在决定前咨询专业的税务师或会计师，以获得更准确的建议。