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在京东上购买商品后，如果已经申请退款但货物已经发货且尚未收到，可以采取以下步骤处理。
1、及时联系京东客服：告知他们你的情况，包括已经申请退款但收到了货物，他们会为你提供进一步的指导。
2、拒收包裹：如果包裹到达时选择拒收，包裹会被快递人员带回，在京东账户里申请退款，选择“仅退款”，退款会在一定时间内原路返回。
3、收到包裹但不影响二次销售的情况下退款：如果收到包裹后发现商品完好无损，可以选择申请退款，在京东账户里找到你的订单，选择“退货”并按照流程操作，按照指示填写所有必要的信息，确保包括退货原因、退款金额和退款方式等，然后等待京东客服审核你的退货申请，审核通过后，你可以按照提供的退货地址将商品寄回。
4、等待退款：一旦退货被签收，京东会开始处理退款，通常情况下，退款会在一定工作日内返回到原支付账户。
5、联系快递公司查询物流信息：如果货物一直在路上且时间过长，可以联系快递公司查询物流信息，看看货物是否出现了什么问题。
在整个过程中，请确保保存所有相关的订单信息和物流信息，以便客服查询和处理你的退款请求，如果在处理过程中遇到任何问题，都可以联系京东客服寻求帮助。