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关于注册顺风车车主后，保险公司是否会进行赔偿，这个问题需要根据车主所购买的保险类型以及保险公司的具体条款来确定。
大部分情况下保险公司会进行赔偿，因为顺风车并非运营性质的车辆，车主在注册顺风车时并没有改变车辆的使用性质，因此理论上不会影响保险的赔偿范围，如果车主已经购买了商业性质的运营保险，那么保险公司可能会根据具体情况进行赔偿或者拒绝赔偿，不同的保险公司和不同的保险产品有不同的规定和条款，因此具体情况还需要参考车主所购买的保险产品的条款来确定。
注册顺风车车主后保险公司是否会赔偿需要根据具体情况而定，如果车主有任何疑问或不确定的地方，建议咨询所购买保险的保险公司或相关机构以获取准确的信息和建议。