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公司注册资金的资金会存入公司账户，并归公司所有。这部分资金的所有权属于公司，可以用于公司的日常运营、购置资产、支付账单等。对于有限责任公司的股东而言，他们向公司投入注册资金后，这笔钱就不再属于个人所有，而是属于公司的资产。

如果需要了解更多关于公司注册的信息，可以咨询专业的律师或机构。