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一家公司注册了两个子公司，其中一个已经注销，可以通过以下方式证明。
1、查询工商信息：通过查询相关工商信息，可以查看公司的注册信息和子公司的注销情况，可以通过访问国家企业信用信息公示系统来查询公司的注册信息和相关变更记录。
2、提供相关文件：提供相关文件来证明其中一个子公司已经注销，这些文件可能包括子公司的注销证明、工商注销证书、税务注销证明等。
3、向相关部门咨询：向当地的工商局、税务局等政府部门咨询，了解子公司的注销情况，这些部门通常会提供相关的证明和查询服务。
具体的证明方式可能会因地区和国家的法律法规有所不同，建议根据所在地的法律法规和相关部门的要求，选择适当的证明方式。