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如果二建注册审核不通过，通常会有以下几种处理方式。
1、审核意见为“退回修改”：申请人可以根据退回原因修改信息后再次提交申请，需要注意的是，驳回原因中的修改内容应按要求在规定时间内重新提交申请，否则申请将不被受理。
2、审核意见为“不审批”：申请人会发现自己的注册申请状态为“审核不通过”，此时将无法再次申请注册，需要重新考取二级建造师证书才能重新申请注册，这种情况可能是由于申请人本身不符合注册条件或提交的资料存在问题导致的。
具体的处理方式可能会因地区和具体情况有所不同，建议查看官方通知或与相关部门联系以获取最准确的信息，如果长时间没有处理结果，也可以尝试联系相关部门查询进度或寻求帮助。