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企业公司注册代理费用的承担方取决于代理合同或协议的约定。一般来说，有两种常见的承担方式。
1、由被代理人（即公司或企业）承担，在这种情况下，代理人在协助完成注册后，被代理人需要支付相应的代理费用作为报酬，这种承担方式在代理行业中较为普遍。
2、由双方共同承担，这种情况下，代理费用由公司和注册代理机构按照一定比例共同承担，这种情况在一些特殊情况下可能会出现，比如某些复杂的注册流程或者需要双方共同投入大量时间和精力的情况。
代理费用的承担方式取决于双方的协商和合同约定，建议在签订代理合同前，双方应明确代理费用的数额、支付方式、时间等细节，以避免后续产生纠纷。