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注册五十万的公司税务申报流程大致如下。
1、在电子税务局网站上进行公司税务申报，需要先进行公司注册登记和税务登记，完成登记后，使用公司电子税务局账号登录网站。
2、登录电子税务局后，在界面中找到“申报纳税”模块，选择税种和申报表类型，填写申报表数据并提交申报，税种一般包括增值税、企业所得税等，申报表类型则根据税种不同而有所不同。
3、缴纳税款，提交申报后，需要按照系统提示完成税款缴纳，可以选择在线支付方式缴纳税款，也可以到税务大厅进行缴纳。
至于如何确定具体的税额，需要根据公司的经营情况、税务政策和相关法规进行计算，税额的计算涉及到多个因素，包括公司的收入、成本、利润等，建议公司在运营过程中，聘请专业的会计师或财务人员进行税务管理，以确保税务申报的准确性和合规性，还需要注意以下几点：
1、按时申报，公司需要按照规定的申报期限进行税务申报，避免逾期申报或漏报。
2、准确申报，申报的数据需要真实、准确，避免虚报或误报。
3、保留好相关凭证和资料，税务部门可能会对申报的数据进行核实，需要公司保留好相关的凭证和资料以备查验。
仅供参考，如有更多疑问，可咨询专业的税务人员或律师。