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在南京办理公司注册，需要完成以下手续。
1、企业名称预先核准（如果适用）。
2、准备相关材料，包括全体股东签署的公司章程、企业名称预先核准通知书（如果适用）、股东的身份证明等材料。
3、向当地的工商行政管理部门提交上述材料，申请公司注册登记，在提交材料时，应同时缴纳相关费用。
4、工商行政管理部门对提交的材料进行审核，审核通过后，会发放准予设立登记通知书。
5、携带准予设立登记通知书和其他相关材料，如办理企业法人营业执照等。
需要注意的是，办理公司注册的具体流程和所需材料可能会因不同的行业和地区而有所差异，建议在办理前咨询南京当地的工商行政管理部门或专业服务机构，以确保手续齐全并符合当地的规定，办理过程中如有疑问，也可向相关部门咨询。