公司车辆注册顺风车是否违法以及如何处理这一问题，需要根据具体情况进行判断。
在一些地区和情况下，公司车辆进行顺风车服务可能被视为非法营运，因为顺风车服务涉及到盈利性质，需要符合相关法规和规定，如拥有相应的运营资质和证件等，如果公司车辆没有相应的资质和证件，或者服务行为不符合相关规定，那么可能会被认为是非法营运，这种情况下，需要办理相关的营运证件，并符合其他相关规定后，才能合法进行顺风车服务。
在一些地区和情况下，公司车辆注册顺风车是合法的，一些公司可能有自己的用车需求，同时也有空余车辆和司机资源，通过顺风车的方式为社会提供服务，并且符合相关法规和规定，这种情况下，公司车辆可以合法地注册顺风车服务。
如果公司车辆已经注册了顺风车并且收到了违法通知，处理方式包括接受相关部门的调查和处理，具体的处理方式可能会因地区和具体情况而异，可能需要缴纳罚款、暂停服务、整改等，建议在这种情况下及时咨询相关部门或律师的意见，以便更好地处理相关问题。
公司车辆注册顺风车是否违法以及如何处理需要根据具体情况进行判断和处理，建议在开展此类服务之前先了解相关法规和规定，确保服务行为合法合规。
