机动车注册登记联丢失的处理方式如下。
1、车主携带所需资料，到当地车管所填写《机动车抵押登记备案申请表》并到机动车检验区进行车辆检验，合格后返回办事大厅，然后到查验审核窗口提交资料审查，审查通过后到车辆登记受理窗口等待打印机动车登记证书。
2、在车辆登记受理窗口提交相关手续资料，等待打印临时行驶车登记证书凭证，同时丢失的一面需要进行公告作废处理，完成这些步骤后，车主就可以拿到新的机动车登记证书了，公告作废后，车辆所有人可以携带身份证明和机动车来历证明等材料到当地车管所提出补领申请，车管所审核无误后，会发放新的注册登记联，如果审核不通过，车主需要按照车管所的要求提供其他证明资料，补领的具体流程可能因地区差异有所不同。
机动车注册登记联丢失后，车主需要携带相关证件到当地车管所进行补办，以上方式仅供参考，建议咨询当地车管所获取更准确的信息。
