东莞和深圳都是广东省的重要城市，两个城市在经济发展和企业注册方面都有各自的优势和特点。注册公司的差别主要体现在以下几个方面。
1、政策环境：深圳作为中国改革开放的前沿城市，拥有更为开放和先进的商业环境，对创业者和投资者更具吸引力，深圳的科技创新政策、金融政策和人才政策等也相对更为优惠，而东莞则在制造业方面有较强的优势，对于开设制造类公司的政策支持也较多。
2、经济定位：深圳是中国的一线城市和科技创新中心，拥有众多大型企业和高科技公司，金融、互联网、电子等产业发展较为突出，而东莞则以制造业为主，特别是在电子、五金、玩具等产业方面有较强的竞争力。
3、注册流程：两个城市的公司注册流程大体相同，但在具体细节上可能有所不同，比如提交材料、审批时间、注册费用等方面，可能会根据当地政策和实际情况有所差异。
4、运营成本：深圳作为一线城市，人力和租金等运营成本相对较高，而东莞的运营成本相对较低，对于初创企业和中小企业来说，可能更具吸引力。
5、人才市场：深圳作为人才聚集地，拥有更多高素质的人才资源，而东莞也在逐渐吸引和培养各类人才，特别是在制造业领域。
东莞和深圳在注册公司的差别主要体现在政策环境、经济定位、注册流程、运营成本和人才市场等方面，具体选择哪个城市注册公司，需要根据个人或企业的实际情况和需求来决定。
