一个公司拥有多个门店注册营业执照的流程，一般可以按照以下步骤进行。
1、确定门店数量及经营地点：确定公司旗下所有门店的数量以及每个门店的具体经营地点。
2、准备资料：准备公司法定代表人签署的设立分店的登记申请书、公司章程等相关文件，还需准备各门店的负责人任命文件以及身份证明，应准备与门店经营业务相关的产权证明或租赁证明，对于涉及前置许可的门店，还应提交相关的许可证明。
3、工商注册登记：向当地工商管理部门提交所有门店的注册登记资料，每个门店都需要提交相应的名称、地址等信息，并注明与总公司之间的关系，如果门店数量较多，可以选择委托第三方服务机构代为办理。
4、办理营业执照：工商管理部门审核通过后，将为每个门店颁发独立的营业执照，营业执照上会注明门店的名称、地址、经营范围等信息。
5、办理税务登记和其他必要许可：在取得营业执照后，还需按照相关规定办理税务登记及其他必要的行政许可或备案手续。
具体的流程和所需材料可能因各地政策不同而有所差异，建议在办理前咨询当地工商管理部门或相关机构，以确保流程顺利进行。
