公司注册商标费用的会计科目可以记入以下两个科目之一。
1、商标注册费可以记入无形资产科目，做无形资产处理，当企业支付商标等无形资产注册费用时，可以将其记入无形资产科目，因为商标注册是为了保护企业的知识产权和品牌价值，属于企业的长期资产之一，具体的会计处理为：借无形资产账户，贷银行存款账户，同时需要注意，商标等无形资产的使用期限也是一个重要的考虑因素，需要在会计上按照其预计使用年限进行摊销处理。
2、如果商标费用比较小，也可以将其直接记入管理费用科目，对于较小的商标费用支出，企业也可以将其直接记入管理费用科目，作为企业的日常经营支出之一，具体的会计处理为：借管理费用账户，贷银行存款账户，这样可以简化会计处理流程，同时也不会对企业的财务状况产生重大影响。
企业可以根据实际情况和会计处理方式选择将商标注册费用记入无形资产科目或管理费用科目，具体的会计处理需要根据企业的会计准则和实际情况进行确定，企业还需要注意商标等知识产权的摊销处理以及相关的税务处理等问题，如有更多疑问可以咨询专业会计师或律师获取专业解答。
