注册小规模纳税人和一般纳税人之间存在以下区别。
1、税率不同：小规模纳税人增值税税率一般为3%，而一般纳税人根据业务的不同，税率可能会有所不同，包括13%、9%、6%以及零税率等，小规模纳税人享受税收优惠政策较多，一般纳税人虽然也有部分税收优惠政策，但相对较少。
2、计税方式不一样：小规模纳税人只能自行开具普通发票，一般纳税人可以开具增值税专用发票并进行抵扣，小规模纳税人需要按照销售额和征收率计算增值税额，而一般纳税人则是通过计算销项和进项的税额差来确定应纳税额，小规模纳税人无法自行开具增值税专用发票进行抵扣增值税进项税额，而一般纳税人可以自行开具增值税专用发票进行抵扣，小规模纳税人的应税销售额超过一定标准后可能会被强制转为一般纳税人。
3、发票使用不同：小规模纳税人销售时只能使用普通发票，而一般纳税人销售时可以使用增值税专用发票，小规模纳税人不能享受开具增值税专用发票的权利和便利，因此无法享受开具增值税专用发票带来的便利性和经济效益，一般纳税人可以购买并开具增值税专用发票，并享受相应的抵扣政策，一般纳税人还可以购买和使用税控专用设备如金税盘等。
注册小规模纳税人和一般纳税人在税率、计税方式以及发票使用方面存在明显的差异，小规模纳税人可以享受较多的税收优惠政策，但无法自行开具增值税专用发票进行抵扣增值税进项税额；而一般纳税人虽然税率较高，但可以自行开具增值税专用发票进行抵扣，享受开具增值税专用发票带来的便利性和经济效益，企业可以根据自身业务需求和规模选择合适的纳税类型。
