注册公司小规模与一般纳税人在多方面存在明显的区别，以下是主要的差异。
1、规模差异：小规模企业通常年应税销售额较小，而一般纳税人企业的年应税销售额超过小规模企业的标准。
2、税收政策差异：小规模企业通常按照较低的税率征税，且增值税可以抵扣进项税额，一般纳税人企业需要缴纳的税种相对较多，税率也相对较高，但可以开具增值税专用发票并进行相应的抵扣，一般纳税人企业还可能面临更多的税务管理要求。
3、财务和会计处理差异：一般纳税人企业需要建立较为完善的财务和会计制度，以应对税务部门的审查，小规模企业则相对较为灵活，在开具发票方面，一般纳税人企业可以开具增值税专用发票并自行抵扣进项税额，而小规模企业则可能受到一定限制。
4、申请资格和程序差异：注册为一般纳税人企业需要满足一定的条件，如注册资金、经营场所等要求，小规模企业在注册时则相对较为简单，两者的注册程序也有所不同，一般纳税人企业需要向税务部门提交更多的材料和证明，以证明其具备相应的资质和条件。
注册公司小规模与一般纳税人的主要区别在于规模、税收政策、财务和会计处理以及申请资格和程序等方面，在选择注册为公司小规模还是一般纳税人时，企业需要根据自身的实际情况和需求进行综合考虑和选择，如有需要，可以咨询专业的税务顾问或会计师以获取更详细的建议和指导。
