注册公司时，选择小规模企业或一般纳税人在多方面存在区别，主要体现在以下几个方面。
1、税收政策：小规模企业增值税的税率通常为3%，而一般纳税人根据行业不同，税率会有所不同，小规模企业可以享受某些税收优惠政策，如月销售额不超过一定数额的免征增值税，一般纳税人则无法享受此类优惠。
2、申报频率：小规模企业通常按季度申报纳税，一般纳税人则需要每月进行申报。
3、费用成本：小规模企业的财务和税务处理相对简单，因此代理记账的费用较低，一般纳税人由于业务规模较大，需要更复杂的财务和税务处理，因此费用成本相对较高。
4、客户信任度：一般纳税人企业在客户看来更为规范，因此更容易获得客户的信任，有助于业务开展，小规模企业在某些情况下可能会因为发票问题影响客户信任度。
5、业务规模：小规模企业的业务规模相对较小，一般适用于初创企业或者小规模经营的公司，一般纳税人则适用于业务规模较大、经营成熟的企业，随着企业的发展和业务的扩大，小规模企业可能需要升级为一般纳税人企业以满足业务需求。
小规模企业和一般纳税人在税收政策、申报频率、费用成本、客户信任度和业务规模等方面存在差异，企业在注册时应充分考虑自身实际情况和需求，选择合适的类型，如有需要，可以咨询专业的税务顾问或会计师以获取更详细的建议。
