注册公司时，小规模纳税人和一般纳税人在多个方面存在明显的区别，主要包括以下几点。
1、纳税标准不同：小规模纳税人通常根据销售额或营业额来确定纳税额，年应税销售额超过小规模纳税人标准的，需要申请成为一般纳税人，而一般纳税人则通过法定的增值税核算方式来计税，小规模纳税人的年销售额标准较低，通常在年度销售额不超过一定金额（如几百万）的情况下可以申请小规模纳税人身份，超过这个标准的企业需要申请一般纳税人身份。
2、税收政策不同：小规模纳税人可以享受一些特定的税收优惠政策，如月销售额不超过限额可免征增值税等，一般纳税人则按照法定的税率进行缴税，无法享受这些优惠政策，小规模纳税人需要按照销售额的一定比例缴纳增值税，税率相对较低；而一般纳税人则根据法定的税率计算税额，税率相对较高。
3、发票使用不同：小规模纳税人销售时只能使用普通发票，而一般纳税人则可以开具增值税专用发票，增值税专用发票对于一般纳税人的客户来说非常重要，可以用于抵扣税款，小规模纳税人在开具发票时需要注意填写的内容与一般纳税人也存在差异。
4、财务和税务管理的要求不同：一般纳税人需要建立完善的财务管理体系，对公司的财务状况进行规范管理，在纳税申报方面，一般纳税人需要按照法定的核算方式进行核算并按时申报纳税，而小规模纳税人则相对较为简单，只需按照规定的税率和税额进行申报即可，一般纳税人的客户可能会要求公司提供正规的税务发票和规范的财务管理体系证明公司的实力和信誉度，因此一般纳税人需要建立完善的财务管理体系来适应市场需求。
注册公司时选择小规模纳税人还是一般纳税人需要根据公司的具体情况和需求来决定，如果公司规模较小、销售额较低并且符合小规模纳税人的条件，可以选择小规模纳税人身份以享受相应的税收优惠政策，如果公司规模较大、销售额较高并且需要开具增值税专用发票等市场需求较高的服务，则需要申请一般纳税人身份并建立完善的财务管理体系来适应市场需求。
