在公司注销时，注册资金的处理方式会根据公司具体情况有所不同。一般来说，有以下几种处理方式。
1、如果公司存在债务尚未清偿完毕，那么注册资金应当用于清偿债务，在清算过程中，会优先使用公司的资产来偿还债务，如果资产不足以偿还债务，那么公司的注册资金也会被用于清偿。
2、如果公司没有债务或者债务已经清偿完毕，并且已经办理了注销手续，那么注册资金可以由股东按照公司章程或者股东协议进行分配，这个过程需要遵循公司章程和相关法律法规的规定。
3、如果公司因为某些原因无法完成注销，注册资金的处理方式则需要根据具体情况进行决策，比如公司因为违法等原因被吊销营业执照，需要在清算后办理注销手续，此时注册资金同样需要用于清偿债务或按照法律法规进行分配，如果因为其他原因无法完成注销手续，公司需要向相关部门申请处理剩余财产，包括注册资金的处理。
无论哪种情况，都需要遵循相关法律法规和公司章程的规定进行处理，如果涉及到具体的法律问题，建议咨询专业的律师或相关机构进行解答。
