公司注册申请文件主要包括以下几项。
1、公司法定代表人签署的《公司设立登记申请书》，该申请书需要全体股东签署或由法定代表人签署，并加盖公章。
2、公司章程，如果公司设立时涉及股东出资额和股权分配等事项，应提交全体股东签署的章程确认书或由股东会决议确认公司章程，如果公司章程有修改，也需要提交修改后的章程或修改说明。
3、股东的主体资格证明或者自然人身份证明，这些证明包括营业执照复印件、组织机构代码证复印件等，如果是自然人投资，则需要提供身份证复印件，对于外商投资企业，还需要提供外商投资企业批准证书复印件，如果企业有国有资产出资的，需要提供国有资产管理部门出具的国有资产管理证明文件，对于集体所有制企业法人需提供职工代表大会决议等证明文件，股东还需要提供出资证明文件，如银行转账凭证等证明股东出资的文件，如果涉及自然人股东以外的其他组织作为股东的情况，也需要提供相应的证明文件。
4、指定代表或委托代理人的证明文件，该文件需要全体股东签署确认指定代表人或委托代理人的授权委托书，以及代表人或代理人的身份证明文件，如果董事、监事和经理的任职文件不符合法定人数要求，还需要提交关于指定代表或委托代理人的决议或决定文件，需要提供法定代表人任职文件及身份证明复印件，如果法定代表人暂时无法签署文件，可以授权其他股东代为签署并提交授权书，还需要提供董事、监事和经理的身份证明复印件等文件。
除了上述文件外，不同地区和公司类型可能还需要其他特定的申请文件，在注册公司之前，建议向当地工商行政管理部门咨询具体的注册要求和所需文件清单。
