注册公司异地经营处理违章的方式取决于具体的违规情况和所在地的法规。一般来说，可以参考以下步骤。
1、了解违规情况：需要了解公司违规的具体情况，比如未按时提交年报、税务问题、许可证问题或经营许可问题等，这些信息可以通过查询当地商务部门的公开信息或相关法规获取。
2、尽快整改：一旦发现公司存在违规情况，应立即进行整改，如果公司在未获得许可的情况下在异地经营，应尽快办理相关手续并获得必要的许可。
3、主动报告：整改后，公司应主动向相关政府部门报告，说明违规情况、原因以及采取的整改措施。
4、接受处理并缴纳罚款：公司应根据所在地法规的要求，接受相关部门的处理，并缴纳相应的罚款。
5、寻求法律援助：如果公司面临严重的违规问题，可能需要寻求专业的法律援助，可以咨询律师以获取专业的建议，并了解可能的法律解决方案。
6、保持合规：为了避免未来的违规行为，公司应确保了解并遵守所有相关的法规和要求，可能需要建立专门的合规部门或聘请合规顾问来确保公司的业务活动符合法规要求。
具体的处理方式可能因地区和违规情况的不同而有所差异，建议公司在处理异地经营违章问题时，咨询当地商务部门或法律专业人士的意见。
