深圳注册的公司在惠州可以经营。具体来说，有两种主要的方式。
1、设立分公司或办事处：深圳的公司可以在惠州设立分公司或办事处，但需要经过当地的工商部门进行登记注册，获取相关的营业执照和资质证书，在此过程中，需要提供深圳公司的相关资质和证明文件，并按照当地的法律法规进行注册和运营，这种方式可以让公司在惠州开展业务，并以深圳公司的品牌和影响力和惠州当地的资源相结合，拓展业务规模。
2、异地经营备案：如果深圳公司在惠州只是偶尔发生业务往来，也可以选择在惠州进行异地经营备案，这种方式相对简单，但需要确保符合当地的法律法规，并准备好相关的资质和证明文件，不过这种方式可能存在一定的风险，因此建议在决定异地经营前先了解清楚当地的政策和法规。
深圳注册的公司在惠州经营是可行的，但需要遵守当地的法律法规，完成相关的注册和备案手续，并确保业务的合法性和规范性，以上内容仅供参考，如有疑问，建议咨询专业律师或相关机构。
